1999 zieht es ihn nach Leverkusen. Gleich im ersten Bayer-Jahr erlebt Bernd Schneider zusammen mit seinen Mannschaftskollegen Traumatisches. Durch eine Niederlage bei Aufsteiger Unterhaching verspielt die Werkself am 34. Spieltag die Meisterschaft. Noch bitterer wird dann das Jahr 2002, in dem Bayer 04 wieder Zweiter in der Bundesliga wird und sowohl das DFB-Pokalfinale gegen den FC Schalke 04 als auch das Champions-League-Endspiel gegen Real Madrid verliert.
Schnix prägt das Spiel der Werkself danach noch viele Jahre und geht mit Bayer 04 durch Höhen und Tiefen. Dem Traum von einem Titel jagt er jedoch bis zuletzt vergeblich hinterher. Nach einem komplizierten Bandscheibenvorfall, der ihn 2008/09 zu einer mehr als einjährigen Pause zwingt, tritt Bernd nach einem emotionalen Comeback am 33. Spieltag beim Heimspiel gegen Borussia Mönchengladbach in Düsseldorf nach der Saison zurück.
Schon kurz nach dem Wechsel von Schnix nach Leverkusen beruft ihn der damalige Teamchef Erich Ribbeck zur Nationalmannschaft. Bernd gehört zum Kader für den Confed Cup 1999. Ein Jahr später bei der EM 2000 bleibt er außen vor, dann aber schafft er unter Teamchef Rudi Völler den Durchbruch im DFB-Dress. In den entscheidenden Relegationsspielen der WM-Qualifikation gegen die Ukraine ist der frisch zurückgeholte Schnix 2001 einer der besten Spieler auf dem Feld.
Damit verdient er sich einen Platz im deutschen Kader für die WM 2002 in Südkorea und Japan. Als Stammspieler im rechten Mittelfeld dringt er mit der DFB-Auswahl bis ins Finale vor. Gegen den klaren WM-Favoriten Brasilien mit Superstar Ronaldo legt Bernd Schneider eines der besten Spiele seiner Karriere hin. Er treibt seinen Gegenspieler Roberto Carlos mit seinen wuseligen Tricks zur Verzweiflung, wobei er ein ständiger Unruheherd für die brasilianische Abwehr ist. Am Ende steht trotzdem eine 0:2-Niederlage und der vierte „Vize“-Titel 2002 für den „weißen Brasilianer“.
