Seit der ersten Teilnahme 1997 ist die Werkself regelmäßig im höchsten europäischen Vereinswettbewerb vertreten. In der Saison 2025/26 spielt Bayer 04 bereits zum insgesamt fünfzehnten Mal in der „Königsklasse“. Größter Erfolg war das Erreichen des Endspiels 2002 in Glasgow gegen Real Madrid.