Im Winter 1996 wechselt er unters Bayer-Kreuz und entwickelt sich schnell zu einem fleißigen, die Drecksarbeit verrichtenden defensiven Mittelfeldspieler, dessen Qualitäten von den Fans manchmal erst dann wirklich geschätzt werden, wenn er mal nicht in der Startelf oder verletzungsbedingt nicht zur Verfügung steht. Mit den Jahren wird Calle zum Fan-Liebling und ist maßgeblich an den Erfolgen von Bayer 04 von 1996 bis 2008, dem Ende seiner Karriere, beteiligt. Es wird zwar nie zu einem Titel reichen, aber Calle wird mit Bayer 04 viermal Deutscher Vizemeister, verliert mit Bayer 04 das Pokalendspiel 2002 gegen Schalke 04 und im selben Jahr auch das Champions-League-Finale gegen Real Madrid, in dem er die Werkself – nach der schweren Verletzung von Jens Nowotny – als Kapitän aufs Feld führt. Insgesamt bestreit Calle 430 Pflichtspiele für Bayer 04, in denen er 31 Tore schießt. Am Ende seiner Karriere 2008 wird er zum Ehrenspielführer von Bayer 04 ernannt.
Für die deutsche Nationalmannschaft spielt er insgesamt 46-mal. Er steht mit der DFB-Auswahl 2002 bei der Weltmeisterschaft in Japan und Südkorea im Finale, in dem Deutschland mit 0:2 gegen Brasilien verliert. In der Mannschaft von Teamchef Rudi Völler laufen neben Ramelow auch seine Leverkusener Teamkollegen Oliver Neuville und Bernd Schneider in der Startelf auf.
