Als sein Vater 1998 zurück nach Tschechien wechselt und beim FK Drnovice anheuert, schnürt Sohnemann Michal für den 1. FC SYNOT, einem Verein in der Stadt Uherske Hradiste, seine Schuhe. Nach einem Bestechungsskandal zieht sich der Sponsor, die SYNOT Holding, zurück und der Verein wird in den 1. FC Slovacko umbenannt. Schon mit 17 Jahren debütiert Michal dort in der ersten tschechischen Liga. Nach drei Jahren für Slovacko holt ihn der Hauptstadtklub Sparta Prag. Dort wird Michal Kadlec direkt im ersten Jahr 2005 Tschechischer Meister. Zwei Jahre später holt er sich mit seinem Verein erneut den Titel.
In der Saison 2008/09 leiht Bayer 04 den kopfballstarken Linksverteidiger, der für die tschechische Nationalmannschaft 67 Spiele absolviert, von Sparta Prag aus. Am 4. Spieltag gibt Michal sein Ligadebüt für die Werkself beim Auswärtsspiel in Hamburg. Nach der Saison zieht Bayer 04 die Kaufoption und verpflichtet ihn fest. In seinen fünf Jahren für die Werkself erreicht er 2009 das Pokalfinale, wird 2011 Vizemeister und bestreitet insgesamt 158 Pflichtspiele für Bayer 04, in denen ihm 14 Tore gelingen. Er ist bei Standardsituationen als Kopfball- und Freistoßspezialist immer gefährlich.
