O Bayer 04 chegou cinco vezes à final da competição nacional da Copa no Estádio Olímpico de Berlim. Em 1993, o Werkself conquistou o título com uma vitória por 1 a 0 contra os amadores do Hertha BSC. Na última temporada 2023/24, o Werkself conquistou a Copa da Alemanha pela segunda vez na história do clube com uma vitória por 1 a 0 contra o 1. FC Kaiserslautern.