Na temporada 1987/88, o Bayer 04 conquistou pela única vez a competição europeia de clubes, na época ainda sob o nome de Copa da UEFA. Perdeu 0 a 3 na primeira partida da final contra o Espanyol Barcelona, mas na partida de volta a equipe do técnico Erich Ribbeck empatou o resultado final e conquistou o troféu nos pênaltis. Em 2023/24, o Werkself chegou à final da UEFA Europa League, mas perdeu por 0 a 3 para o Atalanta Bergamo.