A trajetória de Juan no Bayer 04 começou na temporada 2002/2003, quando o zagueiro foi contratado junto ao Flamengo, então com 23 anos. Apesar de jovem, não demorou muito para assumir a titularidade e mostrar porque era considerado um dos melhores zagueiros do mundo naquela época.
O último jogo de Juan pelo Bayer 04 Leverkusen aconteceu em 19 de maio de 2007, na BayArena, diante do Borussia Dortmund. Para coroar a história de Juan no Werkeself, vitória rubro-negra por 2 x 1 com gols de Stefan Kiessling e Simon Rolfes, atual diretor esportivo do clube.
Juan defendeu o manto do Bayer 04 Leverkusen até a temporada 2006/2007, quando se transferiu para a Roma, da Itália.
Confira imagens de Juan em ação pelo Bayer 04 Leverkusen:
