Nach dem Ausscheiden aus der UEFA Champions League bestritt die Werkself die 3. Runde des UEFA Cups gegen Udinese Calcio. Das Hinspiel in Italien hatte Schwarz-Rot noch 1:0 gewonnen, nach dem 1:2 im Rückspiel qualifizierten sich jedoch die Mannen aus Udine dank der Auswärtstorregel für die nächste Runde.
Dienstag, 23.11.1999, 16 Uhr
Udinese Calcio – Bayer 04 Leverkusen 0:1 (0:0)
Udinese: Tuchi – Zanchi, Sottil, Bartotto, Genaux, Giannichadda (59. Pineda), Fiore, Locatelli, Jörgensen (35. Toledo), Sosa (71. Muzzi), Poggi
Bayer 04: Matysek – Hoffmann, Nowotny, Kovac, Zivkovic, Emerson, Ramelow, Ballack (82. Schneider), Ze Roberto (90. Beinlich), Gresko, Kirsten (90. Mamic)
Tor: 0:1 Ballack (76.)
Schiedsrichter: Hamer (Luxemburg)
Zuschauer: 10.656 im Stadion Friuli
Donnerstag, 09.12.1999, 20.15 Uhr
Bayer 04 Leverkusen – Udinese Calcio 1:2 (1:2)
Bayer 04: Matysek – Hoffmann, Nowotny, Kovac (77. Beinlich), Zivkovic (46. Schneider), Emerson, Ramelow, Ballack, Ze Roberto, Gresko (46. Neuville), Kirsten
Udinese: De Sanctis – Zanchi, Sottil, Bartotto, Fiore, Gardo, Genaux, Locatelli (82. Bisgaard), Jörgensen (89. Esposito), Muzzi (86. Manfredini), Margiotto
Tore: 0:1 Margiotto (9.), 0:2 Margiotto (18.), 1:2 Ballack (22.)
Schiedsrichter: Baptista (Portugal)
Zuschauer: 22.500 (ausverkauft) im Ulrich-Haberland-Stadion