Im Sommer 1999 zog es den gebürtigen Jenaer im Alter von 26 Jahren von Eintracht Frankfurt unters Bayer-Kreuz. Fortan absolvierte der Mittelfeldmann mehr als 260 Pflichtspiele für Schwarz-Rot, entwickelte sich gleichwohl zu einem Leistungs- und Sympathieträger. Mit der Werkself wurde Schneider zweimal deutscher Vize-Meister (2000 & 2002), stand zudem im Champions-League-Finale 2002 sowie zweimal im Endspiel des DFB-Pokals (2002 & 2009).
Am 26. Juni 2009 bat „Schnix“ mit 36 Jahren schließlich um Auflösung seines Vertrages bei Bayer 04. Seine im April 2008 erlittene Rückenverletzung machte eine Fortsetzung der aktiven Karriere unmöglich. Sein Vertrag bei der Werkself lief ursprünglich noch bis zum Abschluss der Saison 2009/10.

Im ersten Abschnitt des Abschiedsspiels lief der Edeltechniker für die „Schnix All Stars“ auf, nach dem Seitenwechsel für Bayer 04. Das Spiel endete mit 6:5 für die All Stars. Neben den aktiven Akteuren folgten dem Ruf Schneiders unter anderem alte Weggefährten wie Diego Placente, Michael Ballack, Zé Roberto, Oliver Neuville, Dimitar Berbatov und Ulf Kirsten – und machten diesen emotionalen Abend für den scheidenden „Schnix“, der in dem Spiel viermal traf, gemeinsam mit den Anhängern unvergesslich.
Nach der obligatorischen Auswechslung in der 65. Minute und der ausgiebigen Ehrenrunde vor den Fans wurde die Partie nicht mehr angepfiffen, stattdessen stieg in der Premium Lounge der BayArena noch eine Abschiedsfeier, inklusive Laudationen von Rudi Völler und Wolfgang Holzhäuser sowie Reiner Calmund.
Die „Schnix All Stars“: Bräutigam (46. Lehmann) – Bindewald (27. Gebhardt/54. Zimmermann), Nowotny, Zivkovic (61. Schur), Placente (52. Babic) – Schneider (46. Beinlich), Ramelow (61. Brinkmann), Hamann (46. Ziegner/66. Ballack), Zé Roberto – Neuville (25. Berbatov), Bastürk (31. Kirsten/58. Rink)

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