O Bayer 04 ingressou no futebol feminino em 1 de julho de 2008, ao adquirir a divisão feminina do TuS Köln rrh. No entanto, suas raízes remontam a muito mais tempo atrás: no início da nova divisão de futebol do Bayer 04, estava o SSG 09 Bergisch Gladbach. A equipe feminina ganhou destaque em todo o país principalmente nas décadas de 1970 e 1980, dominando o futebol feminino alemão – entre 1977 e 1989, foi nove vezes campeã alemã e três vezes vencedora da Copa da Alemanha. Em 1990, Bergisch Gladbach foi um dos membros fundadores da Bundesliga Feminina. No entanto, nos anos seguintes, o clube entrou em uma fase de declínio. Em 1994, a equipe não apenas foi rebaixada da primeira divisão, como toda a seção mudou-se para o TuS Köln rrh. 1874.
Após o retrocesso da então segunda divisão da Regionalliga West em 1999, a imediata volta à primeira divisão e a qualificação bem-sucedida na temporada 2002/04 para a recém-criada 2. Bundesliga, que não foi aceita por motivos organizacionais, o clube voltou à segunda divisão na temporada seguinte como campeão. Apesar do sucesso esportivo, o TuS Köln rrh. em 2008 na busca por patrocinadores e na consequente ascensão à Bundesliga. Na mesma época, o Bayer 04 manifestou interesse em criar um departamento de futebol feminino – assim, os dois objetivos foram unidos: em junho de 2008, o departamento de futebol feminino do TuS Köln rrh. foi dissolvido e, em 1º de julho, mudou-se para o Bayer. De 2010 a 2017 e novamente desde a temporada 2018/19, a primeira equipe joga na primeira divisão. A temporada 2020/21 foi concluída pelas equipe feminina do Bayer 04 na quinta posição, a melhor classificação da história do clube. Quatro anos depois, a equipe superou esse resultado novamente sob o comando do técnico Roberto Pätzold: com 13 vitórias e 43 pontos, o Werkself terminou a temporada 2024/25 em quarto lugar.