Nascido em San Miguel, na região metropolitana da capital argentina Buenos Aires, Ezequiel Fernández passou pela base do tradicional e mundialmente conhecido Boca Juniors. Pelo 35 vezes campeão nacional, deu o passo para a equipe B no início de 2020 e, em maio de 2021, fez sua estreia profissional na primeira divisão. Antes disso, já havia integrado o elenco principal em março do mesmo ano na 1ª rodada da Copa da Argentina, que o Boca viria a conquistar naquela temporada.
No início de 2022, Fernández foi emprestado por um ano ao CA Tigre, rival da liga, em busca de mais minutos de jogo. Lá, o meio-campista robusto e forte nos duelos físicos se firmou de imediato como titular e disputou ao todo 42 partidas oficiais, sendo impressionantes 38 delas no time inicial.
Após seu retorno ao Boca, Fernández passou a fazer parte fixa do elenco profissional a partir de 2023 e, logo em sua primeira partida, comemorou a conquista da Supercopa Argentina. O Boca, que havia se sagrado campeão nacional durante o empréstimo de Fernández ao CA Tigre, enfrentou o vencedor da Copa, o CA Patronato. Na vitória por 3 a 0, o novo reforço do Leverkusen, seguro nos passes e inteligente em campo, começou como titular e atuou por 78 minutos.
Antes de se transferir em agosto de 2024 para a Arábia Saudita, onde defendeu o Al-Qadsiah FC em 38 partidas, Fernández disputou ainda outras 63 partidas oficiais pelo Boca. Entre elas, uma das mais marcantes: o Superclásico, maior e mais intenso clássico da América do Sul, entre Boca Juniors e River Plate. Naquele empate em 1 a 1, um de seus adversários foi justamente seu futuro companheiro de Bayer 04, Claudio Echeverri.
Fernández também possui experiência em nível de seleção. Com a equipe sub-17, conquistou o Campeonato Sul-Americano em 2019. No ano passado, durante sua passagem pela Arábia Saudita, integrou o elenco argentino nos Jogos Olímpicos de Paris. Lá, encontrou novamente Echeverri, desta vez como companheiro de equipe. Juntos, a dupla avançou até as quartas de final, sendo eliminada em uma partida apertada contra a França por 1 a 0.
Em Leverkusen, os caminhos dos dois argentinos da nova Werkself se cruzarão mais uma vez. Fernández já demonstra entusiasmo com este novo capítulo de sua carreira: “Agora quero avançar na Europa em um clube de grande prestígio internacional. Atualmente, Bayer 04 conta com três compatriotas no elenco — Exequiel Palacios, Alejo Sarco e Claudio Echeverri . Eles me falaram sobre a cultura do clube e sobre as altas exigências esportivas aqui em Leverkusen. Estou muito confiante de que, juntos, conquistaremos vitórias importantes.”
