Zé Roberto disputou 113 partidas pelo Bayer 04 Leverkusen, com 17 gols marcados. Apesar de não ter conquistado títulos, o brasileiro fez parte da histórica campanha da temporada 2001/02, quando o Werkself chegou na final da Liga dos Campeões da Europa, sendo superado pelo Real Madrid.
A carreira do ex-jogador no exterior também registra passagens pelo próprio Real Madrid, além de Bayern de Munique, Hamburgo e Al Gharafa. No Brasil, em meio a jogos pela Seleção Brasileira, Zé Roberto defendeu clubes como Portuguesa, Santos, Flamengo, Grêmio e Palmeiras, onde se aposentou em 2017.
Sobre o Bayer 04 Football Academy, inaugurado no última sábado em São Paulo, Zé Roberto se disse feliz em participar de um projeto tão importante: ''Muito feliz em reviver essa história, eu fui muito feliz no Bayer disputando finais importantes, como a Champions League. Hoje vejo que o projeto será forte com muitas crianças envolvidas e um futuro promissor''.