Im niederländischen Bocholtz an der Grenze zu Deutschland geboren und aufgewachsen, zog es Mark Flekken mit 16 Jahren von Roda JC Kerkrade zu Alemannia Aachen. In der Nachwuchsabteilung des damaligen Zweitligisten setzte er seinen sportlichen Aufschwung fort und unterschrieb schließlich im September 2011 seinen ersten Profivertrag. In der Winterpause der Drittliga-Spielzeit 2012/13 wurde der groß gewachsene Schlussmann Stammtorhüter der Profis. Nach Saisonende wechselte er zur SpVgg Greuther Fürth, wo er in drei Jahren aber nur zu drei Zweitliga-Einsätzen kam.
2016/17 folgte der Schritt als Stammkeeper zum Drittligisten MSV Duisburg – wo ihm historisches gelang: Am 7. August 2016 erzielte Flekken in der Nachspielzeit per Hacke den Treffer zum 1:1-Ausgleich im Ligaspiel beim VfL Osnabrück. Es war das erste Feldtor eines Torwarts in der Klub-Historie des MSV. Am Saisonende feierten die Duisburger als Meister den Aufstieg in die 2. Liga.
Nach zwei Spielzeiten mit jeweils mehr als 30 Einsätzen zog es Flekken 2018/19 zum Bundesligisten SC Freiburg, für den er am letzten Spieltag sein Bundesliga-Debüt gab. Nach dem Abgang von Alexander Schwolow 2020/21 rückte er zur Nummer eins der Breisgauer auf, verletzte sich allerdings am Ellenbogen und musste fast die gesamte Saison aussetzen.
In den beiden Folgejahren lief es dann deutlich besser für den spielstarken Niederländer, auf den nun auch Bondscoach Louis van Gaal aufmerksam wurde. Im März 2022 gab Flekken sein Debüt für Oranje, seither kamen sieben weitere Einsätze in der EM-Qualifikation, der UEFA Nations League und in Testspielen zusammen. Auch zum EM-Kader 2024 gehörte er.
2021/22 zog Flekken mit Freiburg ins DFB-Pokalfinale ein (2:4 i.E. gegen RB Leipzig), 2022/23 ging er mit dem SCF in der UEFA Europa League an den Start. Mit zudem jeweils mehr als 30 Liga-Einsätzen und starken Leistungen weckte Flekken, nach fünf Jahren im Breisgau, das Interesse des Premier-League-Klubs FC Brentford.
Bei dem Londoner Stadtteil-Klub verpasste der Neu-Leverkusener 2023/24 und 2024/25 jeweils nur eine einzige Ligapartie. So wechselt der 31-Jährige mit der Erfahrung von 80 Bundesliga- und 74 Premier-League-Einsätzen zu Bayer 04.
Ehe sich Flekken erst einmal in die Sommerpause verabschiedet, stehen für ihn mit der niederländischen Nationalmannschaft aber noch die WM-Qualifikationsspiele gegen Finnland und Malta an.
Zum Start der neuen Pflichtspielsaison in Gruppe H der DFB-Nachwuchsliga hat die U19 von Bayer 04 beim SV Wehen Wiesbaden mit Mühe, aber verdient 3:0 gewonnen. Nach der überfälligen Führung durch Marton Szep per Foulelfmeter (25.) agierte das Team von Cheftrainer Sergi Runge ab Mitte der ersten Hälfte gegen kämpferische Hessen in Überzahl. Am Ende eines ausgeglichenen zweiten Abschnitts machten Ken Izekor (88.) und Emmanuel Owen (90.+3) spät den Deckel drauf.
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