Ocho nuevos miembros en el equipo

Algunos proceden de otros clubes, otros de la cantera. Stefan Kiessling, Sergej Barbarez, Karim Haggui, Pirmin Schwegler, Alexander Meyer, Pierre De Wit, Assimou Touré y Benedikt Fernandez son las ocho nuevas incorporaciones a la plantilla del entrenador Michael Skibbe. El equipo tendrá que hacer frente a las bajas de Dimitar Berbatov, Jens Nowotny, Clemens Fritz y Jacek Krzynowek.

Inicio irregular en la Bundesliga

El comienzo en la Bundesliga es prometedor. En el primer partido de la temporada, el Bayer 04 vence 3-0 al equipo recién ascendido, el Alemannia Aachen. Después, sin embargo, el motor se para. Las derrotas contra el Bremen y el Frankfurt y los empates contra el Wolfsburg y el Hannover se suceden. Los pupilos de Michael Skibbe brindaron a sus aficionados su primer gran momento estelar con una victoria 3-1 contra el Schalke 04, aspirante al título, en la que Gonzalo Castro marcó dos goles. 

Pared con el Werkself

A los aficionados contrarios les gusta utilizar en sus cánticos del estadio los típicos gritos de "aspirinas" y "obreros del Rin" cuando quieren reducir al Bayer 04 a sus verdaderos orígenes. El Bayer 04 recibe este balón técnicamente limpio y hace una pared con él: En el nuevo catálogo de artículos para aficionados de la temporada 2006/2007, estos lemas se adoptan, procesan y representan en la propia colección del club. Con una pizca de autoironía y humor, el Bayer 04 regatea los ataques del adversario y se lanza él mismo a la ofensiva. 

De gira por Europa

El Bayer 04 supera sin mayores problemas el primer obstáculo de la Copa de la UEFA contra el FC Sion, representante suizo: Tras empatar a cero en Ginebra, el Leverkusen ganó el partido de vuelta por 3-1 y se clasificó para la fase de grupos. Tras un empate 1-1 en Brujas, una derrota por 0-1 en casa ante el Tottenham (gracias a un gol de Dimitar Berbatov) y una derrota por 2-1 en Bucarest, el Bayer 04 se impuso por 2-1 al Istanbul en su último partido de la fase de grupos. En tercera posición, se clasifican para la siguiente ronda. 

Sexto puesto en la pausa invernal

Tras una primera mitad de temporada accidentada, el Bayer 04 terminó el invierno en la sexta plaza de la Bundesliga, con un gran tramo final (tres victorias y un empate en los cuatro últimos partidos).

"Schnix" inspira a todos

En la segunda mitad de la temporada, las cosas siguen siendo inestables. Pero hay un jugador que ofrece constantemente actuaciones sobresalientes: Bernd Schneider. "Schnix" está en el mejor momento de su carrera, encandilando a los aficionados con su brillante técnica, destacando como motor, trabajador y organizador, e incluso convirtiéndose en goleador a su "avanzada edad". Con 33 años, marcó golazos contra el Blackburn (de tacón) y el Nürnberg. 

René Adler, el nuevo número uno

Hace su sensacional debut en la Bundesliga en la victoria por 0-1 en el campo del Schalke, cuando desespera a los Azules Reales con unos reflejos casi increíbles: René Adler, que tiene fama de ser uno de los mayores exponentes en la posición de portero, aprovecha su oportunidad con un estilo impresionante y desplaza como número uno a Jörg Butt, portero titular desde hace muchos años.

Ampliación del BayArena

Wolfgang Holzhäuser, director general del Bayer 04, se muestra visiblemente orgulloso al anunciar la buena noticia el 30 de marzo de 2007: El BayArena será modernizado, renovado y ampliado hasta alcanzar una capacidad de más de 30.000 espectadores. El inicio de las obras está previsto para el 2 de noviembre de 2007. El Consejo de Administración de Bayer AG ha aprobado los correspondientes planes de la filial Bayer 04 Leverkusen Fußball GmbH. Las obras de ampliación deberían concluir antes del inicio de la temporada 2009/10. 

Osasuna pone el punto y final en Europa 

En la Copa de la UEFA se midió al Blackburn Rovers inglés y al RC Lens francés. No fue hasta cuartos de final cuando cayó derrotado ante el CA Osasuna, de la primera división española. La gira europea ha terminado.

Clasificados de nuevo para la Copa de la UEFA

Con una victoria a domicilio 2-3 ante el Hertha BSC en la penúltima jornada, el Bayer 04 se asegura el regreso a la Copa de la UEFA. En el último partido de la temporada, el Bayer 04 vence al Borussia Dortmund por 2-1 y termina la temporada en quinta posición.

RWE dice adiós

Tras siete años de fructífera cooperación, el Bayer 04 y su patrocinador principal, RWE, separan sus caminos al final de esta temporada, ya que este último desea centrarse en otras vertientes del desarrollo de su imagen. "Cuando los socios se convierten en amigos, debe tratarse de una relación especial", afirma Wolfgang Holzhäuser, director general del Bayer 04, sobre la desvinculación de RWE.