En 1996, Nowotny pasó del Karlsruher SC al Bayer. El antiguo líbero disputó 295 partidos oficiales en sus diez años en el Bayer 04. En 1997 debutó como jugador del Bayer 04 en la UEFA Champions League y en la selección alemana, con la que más tarde fue tercero en el Mundial de Alemania 2006. Con el capitán Nowotny, el Werkself se proclamó subcampeón de la Bundesliga en cuatro ocasiones y también alcanzó la final de la Copa DFB y la final de la Champions League en 2002.
Jens Nowotny dejó el Bayer 04 en 2006 y ahora trabaja como segundo entrenador de la selección alemana sub-15. El pasado diciembre, como segundo entrenador del sub-17, llevó a la selección alemana a la final del Mundial de Indonesia junto con el seleccionador Christian Wück y ganó el título de campeón del mundo contra Francia. Si el tiempo se lo permite, sigue jugando en el equipo veterano del Werksklub. El Bayer 04 le desea un feliz 50 cumpleaños.
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La Federación Alemana de Fútbol ha reconocido oficialmente al Bayer 04 como centro de promoción de talentos femeninos. Según ha anunciado la federación, además del Werkself, el 1 de enero de 2026 también se certificarán como centros de rendimiento o de promoción de talentos el 1. FC Köln, el Union Berlin, el RB Leipzig y el Hamburger SV.
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El último partido en casa del año vuelve a tener un carácter especial: el sábado, 13 de diciembre (inicio: 18.30 CET), el Bayer 04 recibe al 1. FC Köln. Al inicio de la rueda de prensa, el entrenador Kasper Hjulmand se refirió a su ausencia en el partido de la Champions League ante el Newcastle United (2-2) del pasado miércoles, antes de centrar por completo la atención en el derbi liguero en el BayArena y en la importancia del mismo también para la clasificación.
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La Federación Alemana de Fútbol (DFB) ha dado a conocer los grupos de la fase principal de la liga juvenil de la DFB para las categorías sub-19 y sub-17 de la temporada 2025/26. El sub-19 del Bayer 04 se enfrentará, entre otros, al 1. FC Union Berlin y a la TSG Hoffenheim, mientras que el sub-17 ha quedado encuadrado en un grupo con rivales como el VfB Stuttgart y el FC Augsburg.
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