En 1996, Nowotny pasó del Karlsruher SC al Bayer. El antiguo líbero disputó 295 partidos oficiales en sus diez años en el Bayer 04. En 1997 debutó como jugador del Bayer 04 en la UEFA Champions League y en la selección alemana, con la que más tarde fue tercero en el Mundial de Alemania 2006. Con el capitán Nowotny, el Werkself se proclamó subcampeón de la Bundesliga en cuatro ocasiones y también alcanzó la final de la Copa DFB y la final de la Champions League en 2002.
Jens Nowotny dejó el Bayer 04 en 2006 y ahora trabaja como segundo entrenador de la selección alemana sub-15. El pasado diciembre, como segundo entrenador del sub-17, llevó a la selección alemana a la final del Mundial de Indonesia junto con el seleccionador Christian Wück y ganó el título de campeón del mundo contra Francia. Si el tiempo se lo permite, sigue jugando en el equipo veterano del Werksklub. El Bayer 04 le desea un feliz 50 cumpleaños.
Después del empate (1-1) del Bayer 04 Leverkusen ante el Hamburger SV en la última jornada de la Bundesliga 2025/26, algunos protagonistas nos dejaron sus opiniones sobre el duelo ante los hanseáticos. Las reacciones del partido.
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En el último partido de la temporada 2025/26, el Bayer 04 empató a uno en casa contra el Hamburger SV. Patrik Schick falló un penalti a mediados de la primera parte (25’). Tras el descanso, los visitantes se adelantaron gracias a un disparo lejano de Fabio Vieira (61'), y Jarell Quansah marcó el gol del empate definitivo con un remate de cabeza desviado en el minuto 79. En la clasificación final de la Bundesliga, el Werkself ocupa el sexto puesto.
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En el marco del partido de la Bundesliga disputado en casa contra el Hamburger SV, correspondiente a la 34.ª y última jornada de la temporada 2025/26, se despidió oficialmente al portero Jonas Omlin. El suizo, de 32 años, llegó al equipo cedido por el Borussia Mönchengladbach durante el mercado de invierno hasta el final de la temporada.
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Gran compromiso social por parte del Bayer 04 y su patrocinador principal, BarmeniaGothaer: la venta de camisetas personalizadas con fines benéficos en la tienda para aficionados, en el marco de la campaña «BarmeniaGothaer regala alegría», permitió recaudar unos 5.000 euros. El Bayer 04 igualó esta suma con una aportación de la misma cuantía. De este modo, antes del partido en casa contra el Hamburger SV, se pudieron entregar un total de 10 000 euros a Edmond Tapsoba para su fundación, que ayuda a personas en su país natal, Burkina Faso, a superar las dificultades de su día a día.
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