Los rojinegros tuvieron un buen inicio de campaña en la Bundesliga bajo el mando del entrenador Reinhard Saftig. Después de 12 partidos, el Werkself ocupaba el segundo lugar a dos puntos del Bayern de Múnich, líder de liga. Una caída provocó que el Bayer 04 terminara en sexto lugar en la primera mitad de la temporada. Durante las vacaciones de invierno, el entonces director deportivo, Reiner Calmund, decidió traer a Dragoslav Stepanovic de Frankfurt como nuevo estratega para la próxima campaña.
En la segunda mitad de la temporada de la Bundesliga, el Werkself recogió siete de los 12 puntos posibles antes de enfrentarse al Eintracht Frankfurt en la semifinal de Copa del 30 de marzo. Mientras que Hertha Berlin Amateurs sorprendentemente venció a Chemnitz FC de segunda división en la otra semifinal, el Werkself y las Águilas se enfrentaron en igualdad de condiciones. El equipo dirigido por Saftig aseguró una convincente victoria de 3-0 sobre Eintracht. La dupla legendaria de Ulf Kirsten y Andreas Thom anotó los tres goles, para llevar a Leverkusen a la final en el Estadio Olímpico de Berlín.
Inmediatamente después del partido, el entrenador de Eintracht, Dragoslav Stepanovic, renunció a su cargo. Cinco semanas después, el director deportivo Calmund despidió a Saftig; entonces Stepanovic tomó el timón y el Werkself venció a Hertha Berlin Amateurs 1-0 - Kirsten anotó el gol en el minuto 77 - para levantar la Copa DFB por primera vez en la historia del club.
Estadísticas de la semifinal de la Copa DFB 1993
Frankfurt: Stein – Bindewald, Binz, Tskhadadze – Weber, Komljenovic (74' Studer), Bein, Falkenmayer (72' Yeboah), Bommer – Schmitt, Kruse
Bayer 04: Vollborn – Kree, Foda, Wörns – Stöver, Lupescu, Hapal, Fischer, von Ahlen (67' Scholz) – Thom, Kirsten (80' Tolkmitt)
Goles: 0-1 Thom (6'), 0-2 Kirsten (72'), 0-3 Thom (75')
Árbitro: Manfred Harder
Tarjetas amarillas: Tskhadadze, Schmitt – von Ahlen, Kirsten
Tarjetas rojas: Bindewald (55.)
Espectadores: 35.000 en el Waldstadion de Frankfurt

Después del empate (1-1) del Bayer 04 Leverkusen ante el Hamburger SV en la última jornada de la Bundesliga 2025/26, algunos protagonistas nos dejaron sus opiniones sobre el duelo ante los hanseáticos. Las reacciones del partido.
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En el último partido de la temporada 2025/26, el Bayer 04 empató a uno en casa contra el Hamburger SV. Patrik Schick falló un penalti a mediados de la primera parte (25’). Tras el descanso, los visitantes se adelantaron gracias a un disparo lejano de Fabio Vieira (61'), y Jarell Quansah marcó el gol del empate definitivo con un remate de cabeza desviado en el minuto 79. En la clasificación final de la Bundesliga, el Werkself ocupa el sexto puesto.
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En el marco del partido de la Bundesliga disputado en casa contra el Hamburger SV, correspondiente a la 34.ª y última jornada de la temporada 2025/26, se despidió oficialmente al portero Jonas Omlin. El suizo, de 32 años, llegó al equipo cedido por el Borussia Mönchengladbach durante el mercado de invierno hasta el final de la temporada.
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Gran compromiso social por parte del Bayer 04 y su patrocinador principal, BarmeniaGothaer: la venta de camisetas personalizadas con fines benéficos en la tienda para aficionados, en el marco de la campaña «BarmeniaGothaer regala alegría», permitió recaudar unos 5.000 euros. El Bayer 04 igualó esta suma con una aportación de la misma cuantía. De este modo, antes del partido en casa contra el Hamburger SV, se pudieron entregar un total de 10 000 euros a Edmond Tapsoba para su fundación, que ayuda a personas en su país natal, Burkina Faso, a superar las dificultades de su día a día.
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