Los rojinegros tuvieron un buen inicio de campaña en la Bundesliga bajo el mando del entrenador Reinhard Saftig. Después de 12 partidos, el Werkself ocupaba el segundo lugar a dos puntos del Bayern de Múnich, líder de liga. Una caída provocó que el Bayer 04 terminara en sexto lugar en la primera mitad de la temporada. Durante las vacaciones de invierno, el entonces director deportivo, Reiner Calmund, decidió traer a Dragoslav Stepanovic de Frankfurt como nuevo estratega para la próxima campaña.
En la segunda mitad de la temporada de la Bundesliga, el Werkself recogió siete de los 12 puntos posibles antes de enfrentarse al Eintracht Frankfurt en la semifinal de Copa del 30 de marzo. Mientras que Hertha Berlin Amateurs sorprendentemente venció a Chemnitz FC de segunda división en la otra semifinal, el Werkself y las Águilas se enfrentaron en igualdad de condiciones. El equipo dirigido por Saftig aseguró una convincente victoria de 3-0 sobre Eintracht. La dupla legendaria de Ulf Kirsten y Andreas Thom anotó los tres goles, para llevar a Leverkusen a la final en el Estadio Olímpico de Berlín.
Inmediatamente después del partido, el entrenador de Eintracht, Dragoslav Stepanovic, renunció a su cargo. Cinco semanas después, el director deportivo Calmund despidió a Saftig; entonces Stepanovic tomó el timón y el Werkself venció a Hertha Berlin Amateurs 1-0 - Kirsten anotó el gol en el minuto 77 - para levantar la Copa DFB por primera vez en la historia del club.
Estadísticas de la semifinal de la Copa DFB 1993
Frankfurt: Stein – Bindewald, Binz, Tskhadadze – Weber, Komljenovic (74' Studer), Bein, Falkenmayer (72' Yeboah), Bommer – Schmitt, Kruse
Bayer 04: Vollborn – Kree, Foda, Wörns – Stöver, Lupescu, Hapal, Fischer, von Ahlen (67' Scholz) – Thom, Kirsten (80' Tolkmitt)
Goles: 0-1 Thom (6'), 0-2 Kirsten (72'), 0-3 Thom (75')
Árbitro: Manfred Harder
Tarjetas amarillas: Tskhadadze, Schmitt – von Ahlen, Kirsten
Tarjetas rojas: Bindewald (55.)
Espectadores: 35.000 en el Waldstadion de Frankfurt
Gran compromiso social por parte del Bayer 04 y su patrocinador principal, BarmeniaGothaer: la venta de camisetas personalizadas con fines benéficos en la tienda para aficionados, en el marco de la campaña «BarmeniaGothaer regala alegría», permitió recaudar unos 5.000 euros. El Bayer 04 igualó esta suma con una aportación de la misma cuantía. De este modo, antes del partido en casa contra el Hamburger SV, se pudieron entregar un total de 10 000 euros a Edmond Tapsoba para su fundación, que ayuda a personas en su país natal, Burkina Faso, a superar las dificultades de su día a día.
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Con motivo del último partido en casa de la temporada contra el Hamburger SV el sábado 16 de mayo (15:30 CEST), se cierra un capítulo especial en el BayArena: durante tres décadas, la Bayer Gastronomía se ha encargado de la restauración de los aficionados del Werkself en los días de partido, contribuyendo de forma decisiva a que los visitantes del estadio se sintieran bien atendidos y bienvenidos. Como despedida, Bayer Gastronomía quiere agradecer a los aficionados su fidelidad con una acción especial.
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En la segunda edición de la serie de eventos «Rudi invita», el jugador con más partidos disputados e historiador del club, Rüdiger Vollborn, junto con el presentador del cuestionario, Alexander Schenk-Palitza, reunieron a los aficionados el martes por la noche para una noche de cuestionario sobre el Bayer 04 llena de preguntas difíciles. Los 130 aficionados presentes compitieron en un ambiente festivo en emocionantes categorías relacionadas con el Werkself; incluso Fernando Carro, presidente del consejo de administración del Bayer 04, se pasó por el Schwadbud, al este del BayArena, y participó en el concurso.
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Antes de que concluya la temporada 2025/26 con el Werkself y del Mundial con Argentina, el jugador del Bayer 04 Exequiel Palacios respondió a las preguntas de periodistas de América Latina. En una rueda de prensa digital, el centrocampista de 27 años, que lleva en Leverkusen desde enero de 2020, habló, entre otras cosas, del «gran potencial de desarrollo» de la actual plantilla del Werkself, así como de las ambiciones para el Mundial con la Albiceleste.
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El Bayer 04 no logró, en su siguiente duelo directo por los puestos de clasificación para la Liga de Campeones ante el VfB Stuttgart, dar continuidad a la contundente victoria por 4-1 en casa contra el RB Leipzig de la semana anterior ni defender el cuarto puesto que le da acceso a la máxima competición europea. Tras la ventaja récord conseguida por Aleix García en el primer minuto, los suabos le dieron la vuelta al marcador hasta el 3-1 a su favor y, con ello, superaron en la tabla al Leverkusen, que llega a la última jornada de la Bundesliga 2025/26 en sexta posición y que, para volver al cuarto puesto, además de una victoria en casa contra el Hamburger SV, ahora necesita la ayuda de otros equipos. El análisis y las declaraciones de los protagonistas sobre el emocionante partido ante el VfB.
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