Los rojinegros tuvieron un buen inicio de campaña en la Bundesliga bajo el mando del entrenador Reinhard Saftig. Después de 12 partidos, el Werkself ocupaba el segundo lugar a dos puntos del Bayern de Múnich, líder de liga. Una caída provocó que el Bayer 04 terminara en sexto lugar en la primera mitad de la temporada. Durante las vacaciones de invierno, el entonces director deportivo, Reiner Calmund, decidió traer a Dragoslav Stepanovic de Frankfurt como nuevo estratega para la próxima campaña.
En la segunda mitad de la temporada de la Bundesliga, el Werkself recogió siete de los 12 puntos posibles antes de enfrentarse al Eintracht Frankfurt en la semifinal de Copa del 30 de marzo. Mientras que Hertha Berlin Amateurs sorprendentemente venció a Chemnitz FC de segunda división en la otra semifinal, el Werkself y las Águilas se enfrentaron en igualdad de condiciones. El equipo dirigido por Saftig aseguró una convincente victoria de 3-0 sobre Eintracht. La dupla legendaria de Ulf Kirsten y Andreas Thom anotó los tres goles, para llevar a Leverkusen a la final en el Estadio Olímpico de Berlín.
Inmediatamente después del partido, el entrenador de Eintracht, Dragoslav Stepanovic, renunció a su cargo. Cinco semanas después, el director deportivo Calmund despidió a Saftig; entonces Stepanovic tomó el timón y el Werkself venció a Hertha Berlin Amateurs 1-0 - Kirsten anotó el gol en el minuto 77 - para levantar la Copa DFB por primera vez en la historia del club.
Estadísticas de la semifinal de la Copa DFB 1993
Frankfurt: Stein – Bindewald, Binz, Tskhadadze – Weber, Komljenovic (74' Studer), Bein, Falkenmayer (72' Yeboah), Bommer – Schmitt, Kruse
Bayer 04: Vollborn – Kree, Foda, Wörns – Stöver, Lupescu, Hapal, Fischer, von Ahlen (67' Scholz) – Thom, Kirsten (80' Tolkmitt)
Goles: 0-1 Thom (6'), 0-2 Kirsten (72'), 0-3 Thom (75')
Árbitro: Manfred Harder
Tarjetas amarillas: Tskhadadze, Schmitt – von Ahlen, Kirsten
Tarjetas rojas: Bindewald (55.)
Espectadores: 35.000 en el Waldstadion de Frankfurt

Con motivo del último partido en casa de la temporada contra el Hamburger SV el sábado 16 de mayo (15:30 CEST), se cierra un capítulo especial en el BayArena: durante tres décadas, la Bayer Gastronomía se ha encargado de la restauración de los aficionados del Werkself en los días de partido, contribuyendo de forma decisiva a que los visitantes del estadio se sintieran bien atendidos y bienvenidos. Como despedida, Bayer Gastronomía quiere agradecer a los aficionados su fidelidad con una acción especial.
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En la segunda edición de la serie de eventos «Rudi invita», el jugador con más partidos disputados e historiador del club, Rüdiger Vollborn, junto con el presentador del cuestionario, Alexander Schenk-Palitza, reunieron a los aficionados el martes por la noche para una noche de cuestionario sobre el Bayer 04 llena de preguntas difíciles. Los 130 aficionados presentes compitieron en un ambiente festivo en emocionantes categorías relacionadas con el Werkself; incluso Fernando Carro, presidente del consejo de administración del Bayer 04, se pasó por el Schwadbud, al este del BayArena, y participó en el concurso.
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El Bayer 04 no logró, en su siguiente duelo directo por los puestos de clasificación para la Liga de Campeones ante el VfB Stuttgart, dar continuidad a la contundente victoria por 4-1 en casa contra el RB Leipzig de la semana anterior ni defender el cuarto puesto que le da acceso a la máxima competición europea. Tras la ventaja récord conseguida por Aleix García en el primer minuto, los suabos le dieron la vuelta al marcador hasta el 3-1 a su favor y, con ello, superaron en la tabla al Leverkusen, que llega a la última jornada de la Bundesliga 2025/26 en sexta posición y que, para volver al cuarto puesto, además de una victoria en casa contra el Hamburger SV, ahora necesita la ayuda de otros equipos. El análisis y las declaraciones de los protagonistas sobre el emocionante partido ante el VfB.
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El Bayer 04 Leverkusen cayó derrotado por 3-1 ante el VfB Stuttgar en la penúltima jornada de la Bundesliga 2024/25. Al término del duelo contra el conjunto suabo algunos protagonistas nos dejaron sus opiniones tras la dura derrota. Las reacciones del partido.
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Una ventaja temprana y el cuarto puesto perdido: en el duelo directo por las plazas de clasificación para la Liga de Campeones, el Bayer 04 se adelantó ante el VfB Stuttgart gracias a un gol de Aleix García ya en el primer minuto, pero acabó cayendo por 3-1 (2-1) ante unos locales más decididos. De este modo, el Werkself vio como los suabos le superaban en la tabla de la Bundesliga en la penúltima jornada.
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