Los rojinegros tuvieron un buen inicio de campaña en la Bundesliga bajo el mando del entrenador Reinhard Saftig. Después de 12 partidos, el Werkself ocupaba el segundo lugar a dos puntos del Bayern de Múnich, líder de liga. Una caída provocó que el Bayer 04 terminara en sexto lugar en la primera mitad de la temporada. Durante las vacaciones de invierno, el entonces director deportivo, Reiner Calmund, decidió traer a Dragoslav Stepanovic de Frankfurt como nuevo estratega para la próxima campaña.
En la segunda mitad de la temporada de la Bundesliga, el Werkself recogió siete de los 12 puntos posibles antes de enfrentarse al Eintracht Frankfurt en la semifinal de Copa del 30 de marzo. Mientras que Hertha Berlin Amateurs sorprendentemente venció a Chemnitz FC de segunda división en la otra semifinal, el Werkself y las Águilas se enfrentaron en igualdad de condiciones. El equipo dirigido por Saftig aseguró una convincente victoria de 3-0 sobre Eintracht. La dupla legendaria de Ulf Kirsten y Andreas Thom anotó los tres goles, para llevar a Leverkusen a la final en el Estadio Olímpico de Berlín.
Inmediatamente después del partido, el entrenador de Eintracht, Dragoslav Stepanovic, renunció a su cargo. Cinco semanas después, el director deportivo Calmund despidió a Saftig; entonces Stepanovic tomó el timón y el Werkself venció a Hertha Berlin Amateurs 1-0 - Kirsten anotó el gol en el minuto 77 - para levantar la Copa DFB por primera vez en la historia del club.
Estadísticas de la semifinal de la Copa DFB 1993
Frankfurt: Stein – Bindewald, Binz, Tskhadadze – Weber, Komljenovic (74' Studer), Bein, Falkenmayer (72' Yeboah), Bommer – Schmitt, Kruse
Bayer 04: Vollborn – Kree, Foda, Wörns – Stöver, Lupescu, Hapal, Fischer, von Ahlen (67' Scholz) – Thom, Kirsten (80' Tolkmitt)
Goles: 0-1 Thom (6'), 0-2 Kirsten (72'), 0-3 Thom (75')
Árbitro: Manfred Harder
Tarjetas amarillas: Tskhadadze, Schmitt – von Ahlen, Kirsten
Tarjetas rojas: Bindewald (55.)
Espectadores: 35.000 en el Waldstadion de Frankfurt

Como ya ha ocurrido en varios partidos en casa, los aficionados del Werkself podrán volver a colaborar con la labor de la asociación Tafel Leverkusen e.V. mediante la donación de alimentos. Antes del partido en casa contra el SC Paderborn 07, que se disputará el sábado 21 de noviembre, el Bayer 04 recogerá las donaciones en los puntos habituales situados frente al sector A (sureste) y los sectores E y F (noroeste). La recogida comenzará con la apertura del estadio, a las 13:30 (CET), y se prolongará hasta el inicio del encuentro, a las 15:30 (CET). Lamentablemente, el día del partido no será posible entregar donaciones en la tienda de aficionados del Bayer 04, aunque sí se podrán llevar allí en otros días. Tafel solicita principalmente alimentos no perecederos y productos de higiene.
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