Los rojinegros tuvieron un buen inicio de campaña en la Bundesliga bajo el mando del entrenador Reinhard Saftig. Después de 12 partidos, el Werkself ocupaba el segundo lugar a dos puntos del Bayern de Múnich, líder de liga. Una caída provocó que el Bayer 04 terminara en sexto lugar en la primera mitad de la temporada. Durante las vacaciones de invierno, el entonces director deportivo, Reiner Calmund, decidió traer a Dragoslav Stepanovic de Frankfurt como nuevo estratega para la próxima campaña.
En la segunda mitad de la temporada de la Bundesliga, el Werkself recogió siete de los 12 puntos posibles antes de enfrentarse al Eintracht Frankfurt en la semifinal de Copa del 30 de marzo. Mientras que Hertha Berlin Amateurs sorprendentemente venció a Chemnitz FC de segunda división en la otra semifinal, el Werkself y las Águilas se enfrentaron en igualdad de condiciones. El equipo dirigido por Saftig aseguró una convincente victoria de 3-0 sobre Eintracht. La dupla legendaria de Ulf Kirsten y Andreas Thom anotó los tres goles, para llevar a Leverkusen a la final en el Estadio Olímpico de Berlín.
Inmediatamente después del partido, el entrenador de Eintracht, Dragoslav Stepanovic, renunció a su cargo. Cinco semanas después, el director deportivo Calmund despidió a Saftig; entonces Stepanovic tomó el timón y el Werkself venció a Hertha Berlin Amateurs 1-0 - Kirsten anotó el gol en el minuto 77 - para levantar la Copa DFB por primera vez en la historia del club.
Estadísticas de la semifinal de la Copa DFB 1993
Frankfurt: Stein – Bindewald, Binz, Tskhadadze – Weber, Komljenovic (74' Studer), Bein, Falkenmayer (72' Yeboah), Bommer – Schmitt, Kruse
Bayer 04: Vollborn – Kree, Foda, Wörns – Stöver, Lupescu, Hapal, Fischer, von Ahlen (67' Scholz) – Thom, Kirsten (80' Tolkmitt)
Goles: 0-1 Thom (6'), 0-2 Kirsten (72'), 0-3 Thom (75')
Árbitro: Manfred Harder
Tarjetas amarillas: Tskhadadze, Schmitt – von Ahlen, Kirsten
Tarjetas rojas: Bindewald (55.)
Espectadores: 35.000 en el Waldstadion de Frankfurt

«¡Diaby! ¡Diaby! ¡Diaby!», resonaba con fuerza en el BayArena tras la contundente victoria por 4-0 en casa ante el 1. FC Union Berlin, mientras el Werkself se acercaba en bloque a la tribuna norte para celebrar el triunfo. El capitán, Edmond Tapsoba, empujó ligeramente hacia delante a su nuevo —y antiguo— compañero de equipo, situándolo en primera fila, justo delante de la tribuna. El jugador que regresaba al Bayer 04 agradeció a la afición con su habitual modestia, pero con una sonrisa aún más amplia en el rostro. Ellos también habían contribuido en gran medida, durante los 90 minutos anteriores, al éxito de esta primera tarde de Bundesliga de la nueva temporada en el BayArena.
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La Bundesliga vuelve al BayArena: una semana después del partido fuera de casa en Elversberg, el Werkself quiere sumar tres puntos ante su público. Antes del partido contra el 1. FC Union Berlin del sábado 5 de septiembre (15:30 CEST), el entrenador Carles Martínez se pronunció sobre las conclusiones extraídas, los dos últimos fichajes y los posibles jugadores que podrían reincorporarse a la plantilla.
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