Los rojinegros tuvieron un buen inicio de campaña en la Bundesliga bajo el mando del entrenador Reinhard Saftig. Después de 12 partidos, el Werkself ocupaba el segundo lugar a dos puntos del Bayern de Múnich, líder de liga. Una caída provocó que el Bayer 04 terminara en sexto lugar en la primera mitad de la temporada. Durante las vacaciones de invierno, el entonces director deportivo, Reiner Calmund, decidió traer a Dragoslav Stepanovic de Frankfurt como nuevo estratega para la próxima campaña.
En la segunda mitad de la temporada de la Bundesliga, el Werkself recogió siete de los 12 puntos posibles antes de enfrentarse al Eintracht Frankfurt en la semifinal de Copa del 30 de marzo. Mientras que Hertha Berlin Amateurs sorprendentemente venció a Chemnitz FC de segunda división en la otra semifinal, el Werkself y las Águilas se enfrentaron en igualdad de condiciones. El equipo dirigido por Saftig aseguró una convincente victoria de 3-0 sobre Eintracht. La dupla legendaria de Ulf Kirsten y Andreas Thom anotó los tres goles, para llevar a Leverkusen a la final en el Estadio Olímpico de Berlín.
Inmediatamente después del partido, el entrenador de Eintracht, Dragoslav Stepanovic, renunció a su cargo. Cinco semanas después, el director deportivo Calmund despidió a Saftig; entonces Stepanovic tomó el timón y el Werkself venció a Hertha Berlin Amateurs 1-0 - Kirsten anotó el gol en el minuto 77 - para levantar la Copa DFB por primera vez en la historia del club.
Estadísticas de la semifinal de la Copa DFB 1993
Frankfurt: Stein – Bindewald, Binz, Tskhadadze – Weber, Komljenovic (74' Studer), Bein, Falkenmayer (72' Yeboah), Bommer – Schmitt, Kruse
Bayer 04: Vollborn – Kree, Foda, Wörns – Stöver, Lupescu, Hapal, Fischer, von Ahlen (67' Scholz) – Thom, Kirsten (80' Tolkmitt)
Goles: 0-1 Thom (6'), 0-2 Kirsten (72'), 0-3 Thom (75')
Árbitro: Manfred Harder
Tarjetas amarillas: Tskhadadze, Schmitt – von Ahlen, Kirsten
Tarjetas rojas: Bindewald (55.)
Espectadores: 35.000 en el Waldstadion de Frankfurt

Rogier Meijer deja el Bayer 04 Leverkusen y regresa a su Países Bajos natal como entrenador principal: el técnico de 44 años asumirá el cargo en el Sparta Rotterdam, de la primera división neerlandesa, a partir del 1 de julio. Meijer formaba parte del cuerpo técnico del Werkself desde el inicio de la temporada 2025/26: primero como segundo entrenador de Erik ten Hag y posteriormente en el equipo de Kasper Hjulmand.
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Tras cerrar la temporada con el Bayer 04, Exequiel Palacios ya mira también hacia el gran objetivo del verano: la Copa del Mundo. El centrocampista argentino, campeón mundial con la Albiceleste en Catar 2022, habló con medios latinoamericanos sobre su estado físico, sus opciones de estar en la lista final y el reto de defender el título con la selección argentina.
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La plantilla femenina del Bayer 04 para la próxima temporada está tomando forma: la defensa central de 19 años, Emily Wallrabenstein, se incorpora al Leverkusen procedente del filial del Eintracht Frankfurt, que milita en la 2. Bundesliga femenina. Ha firmado un contrato con el Leverkusen hasta el 30 de junio de 2028.
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Ya está confirmado el siguiente fichaje veraniego del Bayer 04 femenino: la centrocampista Paulina Platner llega al Werkself procedente del SGS Essen. La jugadora, de 20 años, firmó en Leverkusen un contrato hasta el 30 de junio de 2028.
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La Liga Alemana de Fútbol (DFL) ha nominado el gol de Martin Terrier, marcado con el tacón contra el 1. FC Köln, para el premio al «Gol de la temporada» de la Bundesliga 2025/26. Los aficionados del Bayer 04 pueden votar por su favorito en la aplicación de la Bundesliga desde ahora mismo y hasta el lunes 25 de mayo (23:59 CEST) inclusive.
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