Los rojinegros tuvieron un buen inicio de campaña en la Bundesliga bajo el mando del entrenador Reinhard Saftig. Después de 12 partidos, el Werkself ocupaba el segundo lugar a dos puntos del Bayern de Múnich, líder de liga. Una caída provocó que el Bayer 04 terminara en sexto lugar en la primera mitad de la temporada. Durante las vacaciones de invierno, el entonces director deportivo, Reiner Calmund, decidió traer a Dragoslav Stepanovic de Frankfurt como nuevo estratega para la próxima campaña.
En la segunda mitad de la temporada de la Bundesliga, el Werkself recogió siete de los 12 puntos posibles antes de enfrentarse al Eintracht Frankfurt en la semifinal de Copa del 30 de marzo. Mientras que Hertha Berlin Amateurs sorprendentemente venció a Chemnitz FC de segunda división en la otra semifinal, el Werkself y las Águilas se enfrentaron en igualdad de condiciones. El equipo dirigido por Saftig aseguró una convincente victoria de 3-0 sobre Eintracht. La dupla legendaria de Ulf Kirsten y Andreas Thom anotó los tres goles, para llevar a Leverkusen a la final en el Estadio Olímpico de Berlín.
Inmediatamente después del partido, el entrenador de Eintracht, Dragoslav Stepanovic, renunció a su cargo. Cinco semanas después, el director deportivo Calmund despidió a Saftig; entonces Stepanovic tomó el timón y el Werkself venció a Hertha Berlin Amateurs 1-0 - Kirsten anotó el gol en el minuto 77 - para levantar la Copa DFB por primera vez en la historia del club.
Estadísticas de la semifinal de la Copa DFB 1993
Frankfurt: Stein – Bindewald, Binz, Tskhadadze – Weber, Komljenovic (74' Studer), Bein, Falkenmayer (72' Yeboah), Bommer – Schmitt, Kruse
Bayer 04: Vollborn – Kree, Foda, Wörns – Stöver, Lupescu, Hapal, Fischer, von Ahlen (67' Scholz) – Thom, Kirsten (80' Tolkmitt)
Goles: 0-1 Thom (6'), 0-2 Kirsten (72'), 0-3 Thom (75')
Árbitro: Manfred Harder
Tarjetas amarillas: Tskhadadze, Schmitt – von Ahlen, Kirsten
Tarjetas rojas: Bindewald (55.)
Espectadores: 35.000 en el Waldstadion de Frankfurt

Desde 2023, el Bayer 04 organiza periódicamente jornadas gratuitas de formación para entrenadores de porteros en el BayArena. Como en años anteriores, la iniciativa volvió a despertar un enorme interés a mediados de octubre de 2026. Alrededor de 140 participantes, en su mayoría entrenadores de porteros de la región, pero también técnicos de equipos y centros de tecnificación, así como representantes de distintas federaciones, acudieron al estadio del Werkself para ampliar sus conocimientos sobre la defensa de los espacios. A través de una presentación teórica y una sesión práctica sobre el terreno de juego, los participantes pudieron conocer de cerca los métodos de entrenamiento y formación de porteros del Bayer 04.
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Cerca de tres décadas después de su última participación en Polonia en competiciones europeas, el Bayer 04 regresa al país vecino. Mañana, jueves 15 de octubre, a las 18:45 (CEST), el Werkself se enfrentará por primera vez en su historia al Lech Poznań, en el partido correspondiente a la segunda jornada de la fase de liga de la Europa League. En la rueda de prensa previa al duelo contra el campeón polaco, el entrenador Carles Martínez y el extremo Nathan Tella hablaron sobre recuerdos especiales y objetivos claros.
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