Los rojinegros tuvieron un buen inicio de campaña en la Bundesliga bajo el mando del entrenador Reinhard Saftig. Después de 12 partidos, el Werkself ocupaba el segundo lugar a dos puntos del Bayern de Múnich, líder de liga. Una caída provocó que el Bayer 04 terminara en sexto lugar en la primera mitad de la temporada. Durante las vacaciones de invierno, el entonces director deportivo, Reiner Calmund, decidió traer a Dragoslav Stepanovic de Frankfurt como nuevo estratega para la próxima campaña.
En la segunda mitad de la temporada de la Bundesliga, el Werkself recogió siete de los 12 puntos posibles antes de enfrentarse al Eintracht Frankfurt en la semifinal de Copa del 30 de marzo. Mientras que Hertha Berlin Amateurs sorprendentemente venció a Chemnitz FC de segunda división en la otra semifinal, el Werkself y las Águilas se enfrentaron en igualdad de condiciones. El equipo dirigido por Saftig aseguró una convincente victoria de 3-0 sobre Eintracht. La dupla legendaria de Ulf Kirsten y Andreas Thom anotó los tres goles, para llevar a Leverkusen a la final en el Estadio Olímpico de Berlín.
Inmediatamente después del partido, el entrenador de Eintracht, Dragoslav Stepanovic, renunció a su cargo. Cinco semanas después, el director deportivo Calmund despidió a Saftig; entonces Stepanovic tomó el timón y el Werkself venció a Hertha Berlin Amateurs 1-0 - Kirsten anotó el gol en el minuto 77 - para levantar la Copa DFB por primera vez en la historia del club.
Estadísticas de la semifinal de la Copa DFB 1993
Frankfurt: Stein – Bindewald, Binz, Tskhadadze – Weber, Komljenovic (74' Studer), Bein, Falkenmayer (72' Yeboah), Bommer – Schmitt, Kruse
Bayer 04: Vollborn – Kree, Foda, Wörns – Stöver, Lupescu, Hapal, Fischer, von Ahlen (67' Scholz) – Thom, Kirsten (80' Tolkmitt)
Goles: 0-1 Thom (6'), 0-2 Kirsten (72'), 0-3 Thom (75')
Árbitro: Manfred Harder
Tarjetas amarillas: Tskhadadze, Schmitt – von Ahlen, Kirsten
Tarjetas rojas: Bindewald (55.)
Espectadores: 35.000 en el Waldstadion de Frankfurt

La selección alemana sub-17, con los jugadores del Leverkusen Ben Hawighorst, Osman Turay, Nebe Domnic y Jeremiah Mensah, se clasificó como primera de grupo para la fase eliminatoria del Mundial sub-17 de Catar tras imponerse por un contundente 7-0 a El Salvador en el tercer partido de la fase previa. El capitán Hawighorst fue titular por tercera vez, mientras que Mensah debutó en el once inicial y marcó dos goles.
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En el marco de la entrega del premio «Fennec d'Or» al futbolista argelino del año, organizado por primera vez por el medio futbolístico «La Gazette du Fennec», el centrocampista del Bayer 04 Ibrahim Maza fue galardonado en París en la categoría «Mejor jugador joven argelino». «Es un honor para mí», declaró el joven de 19 años tras recibir el premio.
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¡Qué actuación! Contra el 1. FC Heidenheim 1846, el Werkself no solo se aseguró tres puntos importantes en la Bundesliga, sino que también regaló a sus aficionados en las gradas del BayArena una histórica victoria en casa con mucho entusiasmo y ganas de marcar goles: Solo en dos ocasiones anteriores el Bayer 04 había ganado un partido en casa en la máxima categoría del fútbol alemán por una diferencia de seis goles (antes 7-1 contra el Greuther Fürth y 6-0 contra el Kaiserslautern). Los goles del día los marcaron Patrik Schick e Ibrahim Maza, con dos tantos cada uno, y Jonas Hofmann.
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